بازرسی ازتاسیسات نظامی

از میان بیش از ۱۰۰ کشور که در حال حاضر «پروتکل الحاقی» را اجرا کرده‌اند، چندین کشور از جمله ايالات متحده آمریکا مفادی را در نظر گرفته‌اند که انجام بازرسی‌های آژانس از تاسیساتی را که تهدید علیه امنیت ملی آن کشور‌ها تلقی می‌شوند، ممنوع می‌کنند. به عنوان مثال، در توافقنامه پادمانی آژانس با آمریکا برای اجرای پروتکل الحاقی، بازرسی از آن دسته از تاسیسات هسته‌ای که از لحاظ امنیت ملی برای آمریکا مهم تلقی می‌شوند، از انجام این بازرسی‌ها معاف شده‌اند.