جعفر جعفری در گفتگو با خبرنگار مهر، در خصوص تصمیم ستاد رسیدگی به تخلفات حرفه‌ای فوتبال و محرومیت چند داور تا اطلاع ثانوی اظهار داشت: باید با بعضی‌ها که در این قضیه مقصر هستند و تخلفشان واضح است، برخورد شود. اگر ستاد رسیدگی به تخلفات حرفه‌ای به نتیجه قطعی رسید که باید با این قضایا برخورد کند.
وی افزود: باید همه کمک کنند تا فوتبال یکبار برای همیشه پاکسازی شود. این بد اخلاقی‌ها و ناپاکی‌ها باید جمع شوند. البته یک عده هم شرافتمندانه کار می‌کنند. نباید جو را طوری نشان داد که آنها هم در این مورد مقصر نشان داده شوند و همه چیز منفی دیده شود.
مدیرعامل باشگاه فجر درباره صحبت‌های علیرضا علیپور دبیر ستاد منشور اخلاقی درباره دیدار فجر و راه آهن که منجر به سقوط فجر به لیگ دسته اول شد، گفت: به نظرم محسن ترکی داور آن مسابقه بود نه محسن قهرمانی. ما باید آن بازی را می‌بردیم تا در لیگ بمانیم ولی مساوی شدیم. تا جایی که یادم می‌آید آن مسابقه مطلب خاصی درباره داوری نداشت. باید با علیپور صحبت کنم و ببینم منظورش چه بوده ولی احتمالا قبل از آن مسابقه قضاوت داوران باعث شده بود تا نتیجه نگیریم.
جعفری همچنین در خصوص استعفای هادی آیت اللهی رئیس هیات فوتبال استان فارس تاکید کرد: این کار آیت اللهی غیر منتظره بود. البته او حدود 10 روز پیش با من صحبت کرد و گفت که مشکلات زیادی دارد. او تاکید داشت که می‌خواهد فقط در فدراسیون فوتبال کار کند شاید به این خاطر که بازنشسته شده است.
